La costruzione del cimitero risale alla fine del XVIII secolo, quando il comune di Pavia sentì la necessità di costruire un nuovo camposanto; la scelta ricadde nel quartiere di San Giovannino, allora caratterizzato per lo più da vigneti.
Nel 1788, il precedente “Cimitero del Liano” era situato a pochi metri di distanza e fu costretto a chiudere perché troppo piccolo. Si dovette così iniziare a trasportare i cadaveri al nuovo cimitero.
Le strade di Pavia si riempirono di carri agricoli scoperti, che trasportavano i cadaveri nel nuovo camposanto; esalazioni maleodoranti ed incidenti provocati dalle continue cadute delle ossa dai carri furono dei disagi frequenti in quel periodo. Il comando militare di Pavia decise, ad un certo punto, di sospendere le traslazioni, soprattutto per via della lentezza dei becchini, nell’attesa che il nuovo cimitero venisse ultimato.
Il 7 novembre 1798 vi fu l’inaugurazione in presenza di una gran folla di pavesi e del prevosto locale, che celebrò una Messa solenne.
Inizialmente, il cimitero monumentale di Pavia era costituito da un semplice muretto ricoperto di tegole e chiuso con un grande cancello in ferro battuto.
A quei tempi, nobili e borghesi preferivano seppelire i loro familiari presso chiese e conventi di loro proprietà, oppure presso i loro stessi terreni. Quindi all’inizio fu un camposanto non molto utilizzato e, per quasi cent’anni, il cimitero di Pavia fu un campo incolto, con fosse scavate senza un ordine preciso.
Poco tempo dopo la proclamazione dell’Unità d’Italia, il comune di Pavia diede inizio a lavori di miglioramento, trasformando il vecchio campo nell’odierno cimitero; tale incarico venne prima affidato all’architetto milanese Vincenzo Monti e dopo la morte di quest’ultimo ad un suo allievo, Angelo Savoldi.
I lavori iniziarono il 29 agosto 1879 e terminarono nel 1912.
Nell’atrio del monumento si trova un piccolo ‘Pantheon’ dei cittadini pavesi più illustri, con i loro nomi incisi su lapidi di marmo.